Pueden utilizarse numerosos indicadores para medir la biodiversidad de un lugar. Por ejemplo, la riqueza específica mide el número de especies diferentes presentes. En este artículo se utilizará un indicador más completo, pero algo más complejo: la diversidad filogenética. Se basa en la noción de árbol filogenético asociado a un conjunto de especies y da cuenta de la historia evolutiva de estas especies. Según algunos especialistas, la tasa de desaparición de esta diversidad es aún mayor que la de la riqueza específica.
La consideración de la herencia evolutiva de las especies -----------------------------------------------------
Un árbol filogenético (AF) consta de un vértice raíz, vértices internos, vértices hoja que representan las especies y ramas que conectan estos vértices.
En el árbol A\mathcal{A} del recuadro contiguo, la rama b1 conecta la raíz con la especie e1, y la rama b6 conecta el vértice interno i2 con el vértice interno i3. Las ramas tienen una orientación implícita, desde la raíz hacia las hojas. Por tanto, puede considerarse que cada rama tiene un extremo inicial y otro terminal. A cada rama se asocia una longitud que refleja, según el tipo de árbol considerado, los cambios evolutivos producidos desde su extremo inicial hasta su extremo terminal o, más sencillamente, el tiempo transcurrido entre ambos extremos. Proporciona así un indicador global de la cantidad de evolución que puede asociarse a la rama.