De nombreux indicateurs peuvent être utilisés pour mesurer la biodiversité d’un site. Par exemple, la richesse spécifique mesure le nombre d’espèces différentes présentes. Un indicateur plus riche mais un peu plus complexe, la diversité phylogénétique, sera utilisé dans cet article. Il est fondé sur la notion d’arbre phylogénétique associé à un ensemble d’espèces et rend compte de l’histoire évolutive de ces espèces. D’après certains spécialistes, le taux de disparition de cette diversité est encore plus important que celui de la disparition de la richesse spécifique.
La prise en compte de l’héritage évolutif des espèces
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Un arbre phylogénétique (AP) est composé d’un sommet racine, de sommets internes, de sommets feuilles qui représentent les espèces et de branches reliant ces différents sommets.
Dans l’arbre de l’encadré ci-contre, la branche b1 relie la racine à l’espèce e1 et la branche b6 relie le sommet interne i2 au sommet interne i3. Il y a une orientation implicite des branches, de la racine vers les feuilles. On peut donc considérer que chaque branche a une extrémité initiale et une extrémité terminale. À chaque branche est associée une longueur qui reflète, selon le type d’arbre considéré, les changements évolutifs qui se sont produits depuis l’extrémité initiale de la branche jusqu’à son extrémité terminale ou, plus simplement, le temps écoulé entre ses deux extrémités. Elle fournit donc un indicateur global sur la quantité d’évolution que l’on peut associer à la branche.
