Charlotte Angas Scott nacque l’8 giugno 1858 a Lincoln, in Inghilterra, in una famiglia congregazionalista. All’epoca, la Chiesa congregazionalista era una delle poche a difendere i diritti delle donne, in una società nella quale l’istruzione delle ragazze si limitava in genere a quanto necessario per farne buone mogli e madri. Si riteneva infatti che le capacità intellettuali delle donne non permettessero loro di raggiungere lo stesso livello degli uomini e che, in ogni caso, ciò avrebbe nuociuto alla loro salute e distrutto le loro «qualità femminili».
All’epoca, nel Regno Unito, nessun istituto d’istruzione superiore accettava donne e l’istruzione secondaria per le ragazze era quasi inesistente. Il padre di Charlotte, pastore della Chiesa congregazionalista e divenuto presidente del Lancashire independant College, un istituto universitario, procurò alla figlia ottimi precettori, soprattutto in matematica. Questa formazione e le eccezionali qualità di Charlotte le permisero di entrare, nel 1876, al Girton College, appena fondato da Emily Davies (1830-1921), «a College like a man’s» («un’università come quella degli uomini»), il primo College inglese a offrire istruzione superiore alle donne. Nel 1873 le studentesse di Girton ottennero dai docenti dell’Università di Cambridge il diritto di seguire 22 corsi su 34; poi, a determinate condizioni, quello di sostenere alcuni esami, fra cui i celebri Tripos, senza tuttavia poter ottenere un diploma, neppure in caso di successo. Le donne sarebbero state ammesse a pieno titolo a Cambridge solo nel 1948. Il Girton College fu il primo College femminile inglese a diventare misto, nel 1976.
Grazie al successo ottenuto al Tripos, Charlotte divenne docente a Girton. Ciò le permise anche di seguire i corsi di Arthur Cayley (1821-1895), che l’aveva notata e l’avrebbe sostenuta fino alla fine. Nel 1885 divenne la prima britannica a conseguire un dottorato presso l’Università di Londra, che aveva iniziato a rilasciare diplomi alle donne.