Émile Borel simultaneó la vida de científico y el compromiso político en la corriente republicana, reivindicando lo que él llamaba « la política racional », desde el dreyfusismo hasta el radicalismo, desde el Frente Popular hasta la Resistencia y desde la Cooperación Intelectual Internacional hasta el Movimiento Europeo.

La Tercera República ha sido calificada de « República de los profesores » porque estos eran numerosos entre el personal político; por ejemplo, los brillantes alumnos procedentes de la École normale supérieure. La carrera del normalien Émile Borel hizo de él el modelo acabado de esos « intelectuales de gobierno » que desempeñaron un papel esencial en la vida política de la época. Sin embargo, Borel no se orientó hacia la política desde su juventud. No obstante, había adquirido una « cultura política » en su entorno familiar protestante y republicano, y también pudo verse influido por el ambiente que reinaba entre los normaliens, inclinados al libre pensamiento, al agnosticismo, al ateísmo y a un virulento anticlericalismo. El humanismo, la razón, la ciencia y el progreso: esos son los valores cardinales a los que Borel se remitió durante toda su vida.

El caso Dreyfus

En los últimos años del 19.º^{.º} siglo, los republicanos luchan por lograr el reconocimiento de la inocencia del capitán Dreyfus. En la ENS, alumnos y profesores se alzan en defensa del triunfo de la justicia, el derecho, la razón y la verdad. En enero de 1898, una petición reúne miles de firmas de normaliens, docentes, escritores, abogados y periodistas, pronto calificados de «bandas de intelectuales»; Borel no la firma. Solo con el «Llamamiento a la unión», lanzado el 23 de enero de 1899 por el director de la ENS, Ernest Lavisse, toma por fin partido Borel en nombre «de la legalidad y la paz pública»; los firmantes parecen querer ante todo conjurar el riesgo de una crisis de régimen; los historiadores prefieren calificarlos de «dreyfusianos» para diferenciarlos de los dreyfusards.
Borel no figura entre los fundadores de la dreyfusista Liga de los Derechos Humanos (LDH). En 1905 preside la sección de Saint-Affrique, pero es eliminado sin contemplaciones en la elección del comité central de la Liga; en 1910 logra hacerse elegir, aunque dimite de inmediato debido, según él, a su reciente elección para la dirección científica de la ENS.