Émile Borel mena de front vie de savant et engagement politique dans une mouvance républicaine, en se réclamant de ce qu’il appelait « la politique rationnelle », du dreyfusisme au radicalisme, du Front populaire à la Résistance, et de la Coopération intellectuelle internationale au Mouvement européen.

La Troisième République a été qualifiée de « République des professeurs » parce que ceux-ci étaient nombreux au sein du personnel politique ; par exemple les brillants sujets issus de l’École normale supérieure. La carrière du normalien Émile Borel a fait de lui le type achevé de ces « intellectuels de gouvernement » qui jouèrent un rôle essentiel dans la vie politique de l’époque.Pourtant, Borel ne s’est pas tourné vers la politique dès sa jeunesse. Il avait néanmoins acquis une « culture politique » dans son milieu familial protestant et républicain, et il a aussi pu être influencé par l’atmosphère régnant parmi les normaliens, portés vers la libre pensée, l’agnosticisme, l’athéisme et un virulent anticléricalisme. L’humanisme, la raison, la science, le progrès, telles sont les valeurs cardinales auxquelles Borel se référa toute sa vie.

L’Affaire Dreyfus

Dans les dernières années du xix e^{e} siècle, les républicains bataillent pour faire reconnaître l'innocence du capitaine Dreyfus. À l'ENS, élèves et professeurs se dressent pour le triomphe de la justice, du droit, de la raison et de la vérité. En janvier 1898, une pétition recueille des milliers de signatures de normaliens, enseignants, écrivains, avocats, journalistes bientôt qualifiés de « bandes d'intellectuels » ; Borel ne signe pas. Ce n'est qu'avec l'« Appel à l'union », lancé le 23 janvier 1899 par le directeur de l'ENS, Ernest Lavisse, que Borel prend enfin parti au nom « de la légalité et de la paix publique » ; les signataires semblent avant tout vouloir conjurer le risque d'une crise de régime ; les historiens préfèrent les qualifier de « dreyfusiens » pour les différencier des dreyfusards.
Borel n’est pas parmi les fondateurs de la Ligue des droits de l’Homme (LDH) dreyfusarde. En 1905, il est le président de la section de Saint-Affrique mais il est sèchement éliminé lors de l’élection du comité central de la Ligue ; en 1910, il réussit à se faire élire mais démissionne aussitôt à cause, selon lui, de son élection récente à la direction scientifique de l’ENS.